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[Windows 10 FAQ 一覧] - [SysWOW64とSystem32の違い]
dllなどのソフトウェアをインストールする場合、System32あるいはSysWOW64にインストールされます。
以下の目安でどちらかにインストールされます。
C:\Windows\System32 に64bit用のdllがインストール
C:\Windows\SysWOW64 に32bit用のdllがインストール
逆ではないのかと思うかもしれません。
理由：
SysWoW64は Windows on Win64 という意味で、64bit OS で Windows (32bit)を動かすサブシステムです。
よってこちらに32bitのdllがインストールされます。
逆に C:\Windows\System32 は64bitではこちらがメインになり、64bit版のdllはここに配置されます。
ただし64bit OSでも32bitアプリケーションを動かす場合は32bit dll が必要となる場合があるため、システムインストーラーによりSysWoW64に配置される場合があります。
例えば、Visual Studio 2015 の Visual C++ 再頒布可能パッケージは64bit OS上でも32bit として作成（コンパイル)された場合は必要となるのでこれはSysWoW64に配置されます。